Aktivisdan pemantau HAM beberapa kali mengkritisi kinerja Kejaksaan Agung dalam kasus Abepura. Elsam, misalnya, pernah meminta agar kasus bentrokan 7 Desember 2000 itu segera dilimpahkan ke pengadilan. Maklum, Undang-Undang No. 26 Tahun 2000 tentang Pengadilan HAM membatasi waktu penyampaian perkara ke pengadilan.
KasusTanjung Priok disidangkan melalui pengadilan HAM Ad Hoc karena. a. termasuk kejahatan konektivitas b. termasuk dalam tindak pidana militer c. termasuk dalam pelanggaran HAM berat d. belum diatur dalam undang-undang saat itu e. terjadi sebelum diundangkan Undang-Undang Nomor 26 Tahun 2000 Jawaban: e Pengadilan HAM Ad Hoc merupakan
Namun keberadaan hakim-hakim ad hoc yang ada saat ini, telah menimbulkan masalah sebagai contoh adalah pembentukan pengadilan perikanan yang tidak menangani perkara selama 2 (dua) tahun karena tidak ada perkara yang masuk, tetapi hakim ad hoc di pengadilan perikanan tetap menerima gaji dari negara. 59 Dengan demikian, pembaharuan kelembagaan ylMT.